Desa Bajur Waru Pamekasan memiliki struktur organisasi pemerintah yang terdiri dari beberapa unit dan jabatan yang bertujuan untuk mengelola pemerintahan desa serta memberikan pelayanan terbaik kepada masyarakat. Berikut ini adalah deskripsi tentang struktur organisasi pemerintah Desa Bajur Waru Pamekasan:

  1. Kepala Desa: Kepala Desa adalah pemimpin tertinggi di Desa Bajur Waru Pamekasan. Tugas utamanya adalah mengarahkan dan mengawasi pelaksanaan kebijakan pemerintah desa serta memastikan bahwa semua aktivitas berjalan dengan baik. Kepala Desa juga bertindak sebagai perwakilan desa dalam berbagai forum dan berkomunikasi dengan instansi lainnya. Adapun nama kepala desa periode 2022/2027 ini adalah Abd. Wakid, S.H.
  2. Sekretaris Desa: Sekretaris Desa adalah jabatan yang bertanggung jawab dalam menyelenggarakan administrasi dan koordinasi kegiatan pemerintahan desa. Tugasnya meliputi pengelolaan surat-menyurat, penyimpanan arsip, dan membantu Kepala Desa dalam perencanaan dan pelaksanaan kegiatan.
  3. Badan Permusyawaratan Desa (BPD): BPD merupakan lembaga legislatif di Desa Bajur Waru Pamekasan. Anggota BPD dipilih melalui pemilihan oleh warga desa dan bertugas membuat peraturan desa (perdes) serta mengawasi kinerja pemerintah desa. BPD juga berperan dalam menghimpun aspirasi masyarakat dan mengadakan musyawarah untuk mengambil keputusan penting.
  4. Badan Usaha Milik Desa (BUMDes): BUMDes merupakan lembaga ekonomi di Desa Bajur Waru Pamekasan yang bertujuan untuk mengembangkan potensi ekonomi masyarakat desa. BUMDes dapat melakukan berbagai kegiatan usaha seperti pengelolaan simpan pinjam, agrowisata, pengolahan hasil pertanian, dan usaha lainnya yang bermanfaat bagi kesejahteraan masyarakat.
  5. Kepala Dusun: Desa Bajur Waru Pamekasan terdiri dari beberapa dusun, dan setiap dusun dipimpin oleh seorang Kepala Dusun. Tugas Kepala Dusun meliputi koordinasi kegiatan di wilayah dusun, mengumpulkan data dan informasi tentang kondisi masyarakat dusun, serta menyampaikan aspirasi dan kebutuhan masyarakat ke pemerintah desa.