Desa Bajur, Waru, Pamekasan memiliki beberapa kelembagaan yang berperan penting dalam menjalankan pemerintahan dan pelayanan kepada masyarakat diantaranya adalah sebagai berikut:

  • BPD
  • LKD
  • PKK
  • LPP
  • Bidan Desa
  • Desa Siaga
  • TPK
  • RT/RW
  • BUMDes

Namun diantara beberapa kelembagaan tersebut ada yang tidak berfungsi secara optimal diantaranya karena keterbatasan sumber daya, kualitas SDM, dan infrastruktur yang kurang memadai.